马格努斯违背尼凯亚会议所颁布的禁令，使用灵能试图警告帝皇战帅荷鲁斯将会叛乱的消息，本意是拯救帝国但却意外击穿网道屏障，直接导致帝皇网道计划的失败。帝皇为马格努斯的鲁莽行为而震怒，派遣禁军统帅康斯坦丁·瓦尔多与太空野狼基因原体黎曼·鲁斯率领包括禁军、寂静修女、太空野狼军团在内的联合部队前往普罗斯佩罗，将马格努斯带回泰拉接受审判。禁军与寂静修女的参与即表明这是一次“如帝皇亲临”的绝对权威行动，也间接暗示帝皇对千子军团擅长使用灵能法术的忌惮。
普罗斯佩罗
在联合舰队抵达后，马格努斯因愧疚自我封闭的同时主动关闭普罗斯佩罗的灵能防御，认为其虽本意是为了拯救帝国，但确实酿成大祸，自己与军团理应受罚。而在叛乱战帅荷鲁斯的干预下，帝皇的“抓捕”命令最终演变为“歼灭”，轨道轰炸的炸弹自普罗斯佩罗的天空不断落下，曾经繁荣的星球在联合部队的轰炸下化为一片火海，尼凯亚会议之后，大多处于母星普罗斯佩罗的千疮之子军团星际战士也在毫无防备的情况下遭到突袭，其母星的文明象征——储存知识与艺术的大图书馆也被夷为平地。
面对帝国部队自轨道而来的突然袭击，千子军团首席智库阿里曼不认同原体毫无抵抗的做派，其无法忍受太空野狼、禁军、寂静修女正在摧毁普罗斯佩罗，在阿里曼的号召下，千子军团的星际战士组成阵线，开始与帝国联合部队交火。
尽管千子军团因血肉变异的基因缺陷，人数上一直少于其他军团，并且又被帝国联合部队所突袭，但继承自基因之父的灵能天赋与对包括灵能法术在内知识的尊重与学习，使得千子军团极其擅长使用灵能法术。此刻在普罗斯佩罗之上，千子巫师们便使用灵能不断召唤火焰与闪电，攻击着摧毁普罗斯佩罗的敌人——即使那来自帝皇本人的意志。
帝国联合部队
但在除灵能外包含力量、速度、反应力以外的各项能力远高于星际战士的禁军，能够压制灵能力量的寂静修女，专为应对星际战士叛乱所设计的“刽子手”太空野狼军团，三支部队的联合攻势下，甚至其中还有原体黎曼鲁斯这一“半神”般的基因原体。千子军团的抵抗部队很快便损失惨重。
千子军团的阵线濒临崩溃，战场上狼王黎曼·鲁斯所过之处均有千子战士不断倒下。再也无法忍受子嗣遭受屠杀的马格努斯还是出现了，马格努斯咆哮着冲向黎曼鲁斯，两名忠诚的基因原体，阴差阳错的在此死斗。
千子军团与马格努斯
战斗的结果以马格努斯的脊椎被黎曼·鲁斯折断而宣告结束。败局已定的马格努斯在即将被狼王杀死前，接受了来自亚空间邪神奸奇的交易与力量，将自己的灵魂破碎成无数碎片的同时，成为奸奇麾下的恶魔王子，并施展强大的传送法术将自己与残存的子嗣从普罗斯佩罗传送至亚空间内。自此，千子军团也彻底倒向混沌势力，成为叛变的九个军团之一，并在荷鲁斯之乱结束后的万年间，持续威胁着帝国疆域。